Trots stor dominans från hemmalaget dröjde det till den 30:e minuten innan man kunde ta ledningen.
Pernilla Milton ökade på densamma en stund senare och det såg ut som att hemmalaget skulle gå till pausvila i ledning med två bollar.
Men bara med minuter kvar att spela reducerade gästerna.
– Vi hade bollen mer eller mindre hela tiden och deras mål var väldigt slumpmässigt, säger tränare Lars-Petter Björk.
I andra halvlek kontrollerade hemmalaget matchen och stängde butiken med två mål.
Tack vare segern är Alingsås nu återigen klart för Svenska cupens gruppspel.
– Det som glädjer mig mest är att vi producerar väldigt många chanser. Efter en lite tyngre period offensivt har vi verkligen öst in mål på slutet, menar Lars-Petter Björk, som direkt efter slutsignalen började fokusera på lördagens match mot Bromölla.
– Dom försöker rulla boll och är ett lag som har en del kvaliteter som flera av de andra lagen längre ner i tabellen saknar. Samtidigt sätter dom inte speciellt hög press och det passar oss perfekt.
Svenska cupen, omgång 3: Alingsås FC - Lidköping FK 4-1 (2-1)
Målen: Pernilla Milton 2, Alma Öberg, Stina Jensen.
